UV墨水的主要缺点在于其固化后墨膜的柔韧性与附着力存在一定局限。由于UV墨水在紫外光照射下会发生瞬间固化反应，导致墨层体积收缩率较高，这种特性使得它在柔性材料或特殊基材上的附着力容易不达标，可能出现开裂或脱落现象。此外，UV墨水对印刷材质的表面张力匹配要求极为严格，进一步限制了其在部分非吸收性材料上的应用效果。
UV墨水所含的化学成分也引发了对安全性与环保性的担忧。部分UV墨水中的活性稀释单体及光引发剂可能含有挥发性有机物或具有皮肤刺激性，在印刷操作过程中需要配备完善的防护措施和通风系统。同时，固化后的印刷品若接触食品或人体皮肤，其化学物质迁移风险也需经过严格检测，这在一定程度上提高了UV墨水在食品包装与儿童产品等领域的使用门槛。
从使用成本和工艺适配性来看，UV墨水对配套设备的要求较高，不仅需要特定波长的紫外固化装置，还须保证灯管功率与墨水固化特性的精确匹配。在印刷过程中，环境温度、固化速度以及墨层厚度等因素都会显著影响最终效果，操作容错率较低。此外，未完全固化的UV墨水清理困难，容易造成喷头堵塞，大幅增加了印刷设备的维护复杂度与使用成本。
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