UV油墨虽然具有快速固化、高光泽度等优点，但仍存在一些明显缺点。首先，UV油墨的原材料成本较高，尤其是光引发剂和特殊树脂的价格昂贵，导致整体生产成本上升。其次，UV油墨对基材的适应性有限，在某些非吸收性表面（如某些塑料或金属）上可能附着力不足，影响印刷质量。此外，UV油墨固化后膜层较硬，在柔性材料上容易出现脆裂问题，限制了其在包装印刷等领域的应用。
UV油墨的固化过程依赖紫外线光源，这也带来了一些技术挑战。UV油墨若固化不完全，可能导致残留气味或低分子量物质析出，影响产品安全性和耐久性。同时，UV油墨对储存条件要求较高，需避光保存，否则可能出现预固化现象，造成浪费。另外，UV油墨的印刷工艺较复杂，需要精确控制固化能量和墨层厚度，否则容易出现固化不良或过度固化的问题。
环保和健康问题也是UV油墨的显著缺点之一。尽管UV油墨不含挥发性有机溶剂（VOC），但其成分中的某些单体或光引发剂可能具有刺激性或潜在毒性，对操作人员的健康构成风险。此外，UV油墨固化后难以脱墨回收，废弃印刷品的处理较传统油墨更困难，不符合可持续发展的要求。这些缺点促使行业不断研发更环保、更稳定的新型UV油墨技术。
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