UV柔印工艺的主要缺点在于其较高的综合成本。UV柔印需要专用的UV固化设备以及价格较为昂贵的UV油墨，同时印版和设备的初期投入也相对较大，这使得整个工艺的运营成本显著高于许多传统印刷方式，对企业的资金实力提出了更高要求。
在印刷适性和操作层面，UV柔印工艺存在一定的局限性。UV油墨在印刷过程中粘度较高，流平性相对较差，对印刷压力和工艺参数的控制要求极为精细，否则容易产生印刷品网点扩大或实地不平服等问题，增加了工艺调试和稳定生产的难度。
此外，UV柔印对承印材料的范围也存在限制。并非所有材料都适用于UV柔印，部分塑料薄膜或特殊材质表面与UV油墨的附着力可能不佳，容易出现油墨脱落或固化不彻底的情况，这在一定程度上限制了该技术在更广泛包装领域的应用。
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